Palabra que proviene del griego phylo (estirpe, raza) y genneá (generación) y define a la ciencia que estudia las relaciones evolutivas entre los organismos.
El objetivo principal de esta disciplina es alcanzar un conocimiento más extenso y profundo respecto a la historia de los seres vivos, observarndo siempre el origen y el desarrollo evolutivo de las especies.
Se apoya principalmente en la paleontología, en la morfología comparada y en la embriología. La síntesis de todos los conocimientos filogenéticos se expresa a partir de un árbol genealógico. Es un concepto introducido en 1866 por Haeckel en su obra Generalle Morphologhie der Organismen.
El campo de la genética ha crecido en los últimos años facilitando el conocimiento sobre las similitudes y diferencias en la cadena de ADN de diversas especies. Las mutaciones producidas en el ADN es lo que produce la evolución de cada especie.
Algunas de ellas se vuelven inviables para adaptarse al medio ambiente y otras logran desarrollarse de tal manera, que se adaptan aún mejor que las especies que las precedieron. Otros cambios refieren únicamente a mutaciones casi imperceptibles o a secuencias de alteraciones que no llegan a generan una nueva especie.
En medicina, la comparación del ADN llega a tener un uso de gran importancia. En cepas de virus o bacterias, dicha comparación permite conocer si el agente contagioso proviene de la misma cepa que la de otro individuo que ha provocado presuntamente el contagio.
A partir de la huella filogenética, se puede comparar dos o más genomas para identificar la secuencia conservada y de esta forma, determinar la que tenga mayor relevancia biológica. Se fundamenta en la idea de que importantes módulos reguladores están bajo presión selectiva durante la evolución y es utilizada como base del método bioinformático.